Appena dopo l’ingresso, sulla parete di destra, è sistemata, dal 1964, la tomba di Leone (che solo alcuni secoli dopo la sua esistenza – e probabilmente dal 1858 – fu impropriamente detto “Acciaiuoli”), il navarca ortonese che nel 1258 recò ad Ortona le reliquie di san Tommaso apostolo. Realizzata dal marmista ortonese Giovanni Lanci su disegno dell’ing. Antonio Pasquini, è ricoperta da una lapide recante un bassorilievo (riproduzione di uno degli inizi del XVI secolo conservato nel locale Museo Diocesano) e la trascrizione di due testi lapidei più antichi distrutti durante l’ultima guerra.

Sulla parete di fronte all’ingresso, in alto, L’incredulità di san Tommaso dipinta da Basilio Cascella nel 1944, copia dell’opera di Vincenzo Camuccini (1806) conservata nella Basilica di San Pietro in Roma. Sopra il dipinto ai lati di una vetrata realizzata da Tommaso Cascella, i Profeti Isaia e Daniele, affreschi di Virginio La Rovere (1935); di fronte al dipinto (sopra alla porta a vetri di ingresso) L’incontro dei santi Domenico e Francesco opera dell’artista francescano padre Giovanni Lerario.

Gli affreschi della cupola sono del pittore triestino Luciano Bartoli (1974) e rappresentano scene della creazione e, alle vele, tre Evangelisti: Marco, Giovanni e Luca. Il quarto Evangelista, Matteo, è stato dipinto nel 1931 dal pittore ortonese Antonio Piermatteo ed è l’unico salvatosi dalla distruzione del 1943.