E’ posta a destra di chi entra, accanto alla tomba di Leone.
Ben poco rimane dell’antica e ricca cappella, in quanto anch’essa è stata quasi completamente distrutta dagli eventi dell’ultima guerra. Restano, comunque, le sette formelle del tiburio rappresentanti Scene della vita di san Tommaso, in bassorilievo, realizzate nel 1572 e i Quattro Evangelisti (altorilievi a stucco) di epoca imprecisata. Queste opere furono restaurate dall’artista ortonese Fulgenzio Lavalle nel 1830.

L’altare, ricostruito nel 1958 su progetto dell’architetto Alfredo Cortelli de L’Aquila, custodisce il Busto d’argento di san Tommaso, contenente una reliquia dell’Apostolo, realizzato dalla Fonderia Pani di Napoli nel 1800 in sostituzione di quello più antico trafugato dai Francesi nel 1799. Le ante in bronzo (1958) sono dello scultore ortonese Stefano Durante. I dipinti, eseguiti da T. Cascella nel 1968, rappresentano: dietro l’altare L’incredulità di san Tommaso e sulla destra Il martirio dell’Apostolo Tommaso. La vetrata della finestra, dello stesso autore, rappresenta Leone che consegna le reliquie all’abate Iacovo. Nell’anticappella sono stati sistemati due pannelli in ceramica rappresentanti, a destra, La partenza delle galee ortonesi da Chios (in data 11 agosto 1258) e, a sinistra, L’arrivo ad Ortona (6 settembre 1258).

Gli affreschi della volta rappresentano scene dell’Antico e del Nuovo Testamento; più sotto sono rappresentate le quattro virtù cardinali: Prudenza, Giustizia, Fortezza, Temperanza. Tutte queste opere sono state realizzate nel 1968 da T. Cascella, come pure la vetrata che rappresenta Gesù che annuncia a santa Brigida che le ossa di san Tommaso sono in Ortona.
Nell’anticappella, sulla parete di sinistra, un dipinto di Pasquale Bellonio rappresentante la Crocifissione (1762).