Lungo la navata sono esposte, una di fronte all’altra, due tele raffiguranti San Girolamo e Sant’Ambrogio dipinte da T. Cascella nel 1968. A sinistra, sulla porta che immette nell’ex Cappella del Salvatore Ritratto di mons. De Dominicis eseguito dal pittore ortonese F. Lavalle nel 1826. Sempre lungo la navata, in alto, alcune vetrate eseguite da T. Cascella nel 1968: L’Assunzione della Vergine, San Tommaso protettore di Ortona, La Madonna che consegna il Sacro cingolo a san Tommaso; sul presbiterio: San Tommaso e gli Apostoli e L’incredulità di san Tommaso.

Sulla destra della navata, incassati nel muro, reperti dell’edificio preesistente.
Nel 1968, in occasione della risistemazione della cripta dove ospitare la tomba di san Tommaso, il Parroco della Cattedrale affidò la realizzazione delle vetrate al pittore T. Cascella. L’artista disegnò in breve tempo i cartoni che, dopo l’approvazione delle autorità ecclesiastiche, furono portati per la realizzazione delle vetrate alla Vetreria Artistica Camplese di Atri. Cascella seguì costantemente la realizzazione delle opere e un giorno suggerì al mastro vetraio di ritoccare alcune ombreggiature. Quest’ultimo cominciò a lavorare con la consueta tecnica della picchettatura adottata fino a quel momento da tutti gli artisti vetrai. Cascella osservava e, poco convinto, non per il risultato del lavoro, ma per l’eccessivo tempo occorrente per realizzarlo, chiese un pezzo di carta vetrata. Si avvicinò al vetro, cominciò a strofinare con perizia la carta vetrata su di esso e, in men che non si dica, effettuò una ombreggiatura perfetta, del tutto simile al risultato che si sarebbe ottenuto con il sistema tradizionale.
La tecnica delle ombreggiature, inventata in modo estemporaneo da T. Cascella quel lontano giorno del 1968, oggigiorno viene utilizzata da tutti gli artisti del vetro.

Nelle vetrate sono rappresentati episodi della vita di san Tommaso tratti dai Vangeli o legati all’arrivo delle reliquie in Ortona .
L’altare maggiore reca, nella parte anteriore, un bassorilievo che rappresenta L’incredulità di san Tommaso, opera di autore ignoto del XVI secolo. I sette ovali dipinti sul catino dell’abside rappresentano, da sinistra verso destra, san Paolo, san Matteo, sant’Andrea, Occhio di Dio, san Pietro, san Giacomo e san Tommaso. Il primo e l’ultimo, rimasti indenni dopo i bombardamenti del 1943-44, furono dipinti nel 1857 da Nicostrato Gizzarelli; tutti gli altri sono stati realizzati da T. Cascella nel 1968.